Tjo.
Beror på vad man definierar som Tokyo, som alla stora städer så fortsätter de vidare ut i förorterna, och när det gäller tokyo så tar bebyggelsen aldrig slut

Men om du tänker dig "innerstan" så har jag en kompis som gick "Yamanote-line" (tåglinjen som går i en cirkel i mitten av Tokyo). De tog honom runt 12 timmar, men jag tror inte de hade någon jättebrådska å andra sidan.
Jag har gått genom "diametern" av Yamanote-line, vilket tog kanske två timmar, men det är verkligen precis i mitten, om du vill gå genom stor tokyo så så tar det nog minst en dag, beroende på var du drar gränsen.
Jag skulle rekommendera cykel

Eller motorcykel, om du har kortet. Riktigt sjyst stad att åka båge i.
När åker du hit?