Allra oftast flyger man efter de fastlagda flygvägar som finns. Och om vi bara räknar den tunga kommersiella trafiken som går på FL285-FL410 så har man nåt som kallas RNP1 (required navigation performance 1nm), dvs en noggrannhet på navigationen inom 1 nm (1,85km).
En länk om "punkt-till-punkt" färdplanering för plan som passerar Sverige norr om 61:a breddgraden följer här.
http://www.lfv.se/upload/ANS/AIP/AIP%20Sup/SUP_3_09.pdf
Av de plan som passerar över Sverige skulle jag tro att i alla fall 90-95% följer flygvägarna till en början.
Sedan händer det ju i princip jämt att planen får kortare rutter av trafikledningen, exempelvis "fly direct to XXX".
Angående inflygningsproceduren så kan man ofta slippa sådana genom att få radarvektorering eller så länge vädret tillåter och att flygplatsen tillåter det genom visuella inflygningar.